在一条繁华商业街的尽头，有一家永远散发着温暖黄光的小小杂货店。店主是一位能看见人们内心“空洞”的神秘青年，他店里的每件商品都像是为填补这些空洞而存在。高中生“小唯”因家庭变故内心封闭，误入此店后，被店主留下做帮工。她在这里遇到了形形色色的客人：渴望友谊的孤独者、怀念逝去亲人的老人、对未来迷茫的青年。在为他们寻找合适商品的过程中，小唯也渐渐学会了面对自己的伤痛，并重新感受到世界的温度。
一位失声的歌手来到杂货店，希望能重新歌唱。店主拿出一枚“共鸣海螺”，让他聆听自己内心的声音。最终歌手发现，最美的歌声不是用嗓子发出的，而是源于心灵的震动，他找回了歌唱的初衷。
一位少年画家因画作屡屡被批评而崩溃，想买一件能让人认可的画笔。店主给了他一支“真实之笔”，告诉他画下自己最恐惧的东西。少年颤抖着画出了自己内心的阴影，却意外发现这幅画充满了力量。
一位天文学家为寻找已故导师的遗愿而来，小唯推荐了“星之砂”。当晚，天文学家在砂中看到了导师留下的全息影像，原来导师一直在用这种方式教导他，从未离开。他放下了对导师离世的愧疚。
一个失去童年记忆的女孩来寻找能找回过去的物品。店主没有给她魔法道具，而是给了她一个亲手缝制的布偶，告诉她：“记忆不在物品里，在你想要记住的心里。”女孩抱着布偶，渐渐回忆起母亲的笑容。
一个害羞的男生想买一颗能让告白成功的“魔法种子”。小唯告诉他，种子需要用心浇灌才能开花。男生将种子种在女孩家的阳台下，每天默默照料，最终种子开出的花，成了他们之间最美的情书。
小唯在整理仓库时，发现了一本古老的相册，里面全是店主与不同时期人们的合影。她这才惊觉，店主可能已经活了很久，这家店的存在，是为了守护人类心中最柔软的情感。